Prof. Dr. Wolfgang Klausnitzer war Mitherausgeber der Reihen 
"Bamberger Theologische Studien" (1995 - 2009) und 
"Bamberger Theologisches Forum" (2001 - 2009) und war
Sprecher des Herausgebergremiums der Reihe "Bamberger Theologische Studien" (2006 - 2009) und ist Herausgeber der Reihe "Forum Fundamentaltheologie" (seit 2012).

Minima Theologica Permixta. Überlegungen zur Ökumene und zur Theologie des christlich-islamischen Dialogs.

Fromm-Verlag, 2013. 

Atheismus - in neuer Gestalt? (gemeinsam mit Elmar Koziel) Forum Fundamentaltheologie.

Peter Lang, 2012.

Minima Theologica. Ansprachen und Betrachtungen.

Be&Be, 2010

Autorität in der Kirche - Authority in the Church. (Mitherausgeber).

Sankt Michaelsbund, 2009.

Gott und Wirklichkeit. Lehrbuch der Fundamentaltheologie.

Pustet, (2000) 22008.

Glaube und Wissen. Lehrbuch der Fundamentaltheologie.

Pustet, (1999) 22008.

Jesus und Muhammad. Ihr Leben, ihre Botschaft. Eine Gegenüberstellung.

Herder, 2007.

"Glaubst du, dass sie würdig sind?" Überlegungen zur Vorbereitung auf das Priesteramt.

Sankt Michaelsbund, 2006.

"Wir haben wahrlich nicht Freude an Uneinigkeit..." Gesammelte Aufsätze zur Situation der Ökumene.

Traugott Bautz, 2005.

Der Primat des Bischofs von Rom. Entwicklung - Dogma - Ökumenische Zukunft.

Herder, 2004.

Paula macht blau. Eine ökumenische Entdeckungsreise. (Mitherausgeber).

Bonifatius, 2003.

Grundkurs Katholische Theologie. Geschichte - Disziplinen - Biografien.

Tyrolia, 2002.

Jesus von Nazaret. Lehrer - Messias - Gottessohn.

Pustet, 2011.

Das Papstamt im Disput zwischen Lutheranern und Katholiken. Schwerpunkte von der Reformation bis zur Gegenwart.

Tyrolia, 1987.

Päpstliche Unfehlbarkeit bei Newman und Döllinger. Ein historisch-systematischer Vergleich.

Tyrolia, 1980.