Prof. Dr. Wolfgang Klausnitzer war Mitherausgeber der Reihen 
"Bamberger Theologische Studien" (1995 - 2009) und 
"Bamberger Theologisches Forum" (2001 - 2009) und
Sprecher des Herausgebergremiums der Reihe "Bamberger Theologische Studien" (2006 - 2009) sowie Herausgeber der Reihe "Forum Fundamentaltheologie" (seit 2012)

Minima Theologica Permixta. Überlegungen zur Ökumene und zur Theologie des christlich-islamischen Dialogs, Fromm-Verlag, 2013. 

Atheismus - in neuer Gestalt ? Forum Fundamentaltheologie.
Peter Lang, 2012.

Kirche, Kirchen und Ökumene. Lehrbuch der Fundamentaltheologie.
Pustet, 2010.

Minima Theologica. Ansprachen und Betrachtungen.
Be&Be, 2010

Gott und Wirklichkeit. Lehrbuch der Fundamentaltheologie. (2. Auflage)
Pustet, 2008.

Glaube und Wissen. Lehrbuch der Fundamentaltheologie. (2. Auflage)
Pustet, 2008.

Jesus und Muhammad. Ihr Leben, ihre Botschaft. Eine Gegenüberstellung.
Herder, 2007.

"Glaubst du, dass sie würdig sind?" Überlegungen zur Vorbereitung auf das Priesteramt
Sankt Michaelsbund, 2006.

"Wir haben wahrlich nicht Freude an Uneinigkeit..." Gesammelte Aufsätze zur Situation der Ökumene.
Traugott Bautz, 2005.

Der Primat des Bischofs von Rom. Entwicklung - Dogma - Ökumenische Zukunft.
Herder, 2004.

Paula macht blau. Eine ökumenische Entdeckungsreise.
Bonifatius, 2003.

Grundkurs Katholische Theologie. Geschichte - Disziplinen - Biografien.
Tyrolia, 2002.

Gott und Wirklichkeit. Lehrbuch der Fundamentaltheologie.
Pustet, 2000, 22008.

Glaube und Wissen. Lehrbuch der Fundamentaltheologie.
Pustet, 1999, 22008.